ปรัชญาของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ที่ประกาศไว้โดยท่านผู้ประศาสน์การ ที่ว่า "...มหาวิทยาลัยย่อมอุปมา ประดุจบ่อน้ำ บำบัดความกระหายของราษฎร ผู้สมัครแสวงหาความรู้ อันเป็นสิทธิและโอกาส ที่เขาควรมีควรได้ ตามหลักเสรีภาพของการศึกษา..." ยังคงเป็นหลักปรัชญาที่มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ยึดมั่นเป็นปรัชญาสำคัญในการบริหารมหาวิทยาลัย แม้ว่าจะมีการเปลี่ยนแปลงมากมายในด้านต่างๆ โดยเฉพาะในด้านการแข่งขันของสถานศึกษาในปัจจุบัน ดังจะเห็นจากวิสัยทัศน์ของท่านอธิการบดี ศ.ดร.สุรพล นิติไกรพจน์ ที่กำหนดวิสัยทัศน์ให้ “มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เป็นเลิศเป็นธรรม ร่วมนำสังคม ระดมพลังหลากหลาย สู่เป้าหมายยิ่งใหญ่ รับใช้ประชา พัฒนาองค์รวม” ซึ่งเป็นวิสัยทัศน์ที่มุ่งให้เป็นมหาวิทยาลัยสมบูรณ์แบบ ที่มีความลุ่มลึก และโดดเด่นในองค์ความรู้ที่ครบถ้วน ในทุกศาสตร์ เพื่อการพัฒนา และการแก้ปัญหาให้แก่สังคมไทยและภูมิภาค โดยมีระบบบริหารจัดการที่มีประสิทธิภาพสอดคล้อง กับหลักธรรมาภิบาล และจากเป้าหมายของมหาวิทยาลัยที่มุ่งสู่การเป็นมหาวิทยาลัยที่มีชื่อเสียง มีผลงานทางวิชาการที่มีคุณภาพระดับสูงเป็นที่ยอมรับอย่างกว้างขวาง ทั้งในระดับประเทศและในภาคพื้นเอเซียแปซิฟิค รวมทั้งเป็นสถาบันการศึกษาซึ่งเป็นผู้นำ ในการผลักดันและส่งเสริมการสร้างโอกาส ความเสมอภาคและความเป็นธรรมให้กับสังคม ตลอดจนเป็นมหาวิทยาลัยที่มุ่งเน้นไปสู่ภารกิจ ด้านการวิจัยและการให้บริการสังคม และมีระบบบริหารจัดการที่มีประสิทธิภาพ สามารถเป็นแบบอย่างให้แก่มหาวิทยาลัยไทยได้
จากปรัชญาและวิสัยทัศน์ข้างต้น ถือว่าเป็นหลักคิดและหลักการสำคัญในการบริหารและพัฒนามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ โดยเมื่อมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์มีนโยบายขยายโอกาสทางการศึกษาไปสู่ภูมิภาค ตั้งแต่ปีงบประมาณ 2548 และศูนย์พัทยาภารกิจหนึ่งของมหาวิทยาลัยที่ต้องการสร้างให้เป็นศูนย์กลางการศึกษาในภาคตะวันออก
งานบริหารศูนย์พัทยา สังกัดสำนักงานประสานศูนย์การศึกษาภูมิภาค ซึ่งเป็นหน่วยงานหนึ่งในสังกัดสำนักงานอธิการบดี มีฐานะเป็นหน่วยงานกลางที่มีหน้าที่สนับสนุนการเรียนการสอนและการให้บริการทางวิชาการไปสู่ภูมิภาค เกิดขึ้นจากการปรับเปลี่ยนโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการสำนักงานอธิการบดีตามมติสภามหาวิทยาลัย เมื่อวันจันทร์ที่ 20 ธันวาคม 2547 และมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันอังคารที่ 1 กุมภาพันธ์ 2548 เพื่อผลักดันนโยบายขยายโอกาสทางการศึกษาที่จะมุ่งพัฒนาให้มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์พัทยาอย่างจริงจัง ให้เป็นศูนย์การศึกษาต่อเนื่องในระดับสูง ศูนย์วิจัยและพัฒนา ศูนย์ฝึกอบรมสัมมนา และศูนย์บริการทางวิชาการ (Resources Center) ของมหาวิทยาลัยในภูมิภาคที่มีความสมบูรณ์แบบในตัวเอง เพื่อตอบสนองความต้องการของท้องถิ่นอย่างแท้จริง และนำความเป็นเลิศทางวิชาการ วิธีคิด และวิถีของความเป็นธรรมศาสตร์ไปสู่ชุมชนภาคตะวันออกอย่างมีประสิทธิภาพ ซึ่งต้องอาศัยความร่วมมือและการสนับสนุนงบประมาณทั้งจากภาครัฐบาล ส่วนราชการในพื้นที่ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ศิษย์เก่า ผู้นำท้องถิ่น และผู้นำ
การพัฒนาทางกายภาพ
1) ได้รับการสนับสนุนงบประมาณเพื่อพัฒนาด้านกายภาพเป็นหลักในการดำเนินงานก่อสร้างอาคารต่างๆ แต่ต่อมามหาวิทยาลัยได้ตระหนักถึงความสำคัญของการพัฒนาท้องถิ่นและชุมชนในภาคตะวันออก จึงได้มีความร่วมมือกันในการที่จะพัฒนามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ในพร้อมสำหรับภารกิจทั้งด้านการเรียน การสอน และการพัฒนาองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นและชุมชน ดังนั้นมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรี จึงได้มีบันทึกข้อตกลงความร่วมมือการดำเนินโครงการจัดตั้งศูนย์ฝึกอบรมการบริหารงานท้องถิ่นและสวนพฤกษศาสตร์ เมื่อวันที่ 21 ธันวาคม 2547 โดยองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรีตกลงให้การสนับสนุนทางการเงินให้กับมหาวิทยาลัย จำนวน 30,000,000 บาท เพื่อใช้ในการก่อสร้างอาคารบ้านพัก สิ่งปลูกสร้างอื่นๆ เพื่อการดำเนินงานศูนย์ฝึกอบรมการบริหารงานท้องถิ่น และการจัดทำสวนพฤกษศาสตร์
2) ได้รับจัดสรรงบประมาณผูกพันต่อเนื่อง 3 ปี ระหว่างปีงบประมาณ 2550-2552 เป็นเงิน 57,225,800 บาท เพื่อก่อสร้างระบบสาธารณูปการและอาคารฝึกอบรมท้องถิ่น (อาคารเรียน) ซึ่งงบประมาณที่ได้จัดสรรนั้นไม่เพียงพอมหาวิทยาลัยจึงจัดหางบประมาณสมทบอีก เป็นเงิน 14,306,400 บาท และได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรี เป็นเงิน 5,000,000 บาท เพื่อสมทบในการก่อสร้างอาคารกิจกรรมทางการศึกษา (ศาลาพักผ่อนรูปโดม) และสนามฟุตบอลพร้อมลู่วิ่ง ซึ่งอาคารฝึกอบรมท้องถิ่น (อาคารเรียน) คาดว่าจะแล้วเสร็จพร้อมรองรับการฝึกอบรมหลักสูตรการบริหารงานท้องถิ่น และจัดการเรียนการสอนระดับปริญญาโทก่อนเปิดภาคการศึกษาที่ 1/2552
3) ได้รับจัดสรรงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรี เป็นเงิน 2,000,000 บาท เพื่อก่อสร้างอาคารกิจกรรมทางการศึกษา (ศาลาพักผ่อนรูปโดมบนยอดเขามะตูม) เพื่อทำให้มีแหล่งพักผ่อนหย่อนใจและเป็นจุดชมทัศนียภาพของมหาวิทยาลัยและบริเวณข้างเคียง การก่อสร้างอาคารชมทิวทัศน์ ศาลาโดมบนเขามะตูม จะทำให้เห็นทัศนียภาพของมหาวิทยาลัยในมุมกว้างและยังสามารถเห็นทัศนียภาพของเมืองพัทยารวมไปถึงทัศนียภาพของเขาชีจรรย์ ซึ่งอาคารชมทิวทัศน์สามารถเป็นสถานที่ของการทำกิจกรรมต่างๆได้ ตลอดจนยังเป็นการปรับปรุงทัศนียภาพของเขามะตูมให้สวยงามยิ่งขึ้น
4) ได้รับจัดสรรงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรี เป็นเงิน 3,000,000 บาท เพื่อก่อสร้างสนามฟุตบอลพร้อมลู่วิ่ง เพื่อเป็นสถานที่ในการจัดกิจกรรมกีฬาต่างๆ เพื่อสร้างความสัมพันธ์อันดีกับองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และชุมชน โดยการนำกีฬาเข้ามาเป็นกิจกรรมสร้างความสัมพันธ์เพื่อส่งเสริมการจัดกิจกรรมกีฬาของบุคลากร และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่เป็นประโยชน์ต่อสังคม
การพัฒนาด้านการเรียนการสอน
ระดับปริญญาโท
มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์พัทยา ได้เปิดการเรียนการสอนในระดับปริญญาโท 4 สาขา ตั้งแต่ภาคเรียนที่ 1 ปีการศึกษา 2549 ได้แก่
หลักสูตรการบริหารเทคโนโลยี วิทยาลัยนวัตกรรม
หลักสูตรพัฒนาชุมชนมหาบัณฑิต ภาคพิเศษ ศูนย์พัทยา คณะสังคมสงเคราะห์ศาสตร์
หลักสูตรการเมืองการปกครองสำหรับนักบริหาร คณะรัฐศาสตร์
หลักสูตรนวัตกรรมการบริการ วิทยาลัยนวัตกรรม